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Im Schlund der Muränen sitzen die nur von Muskel-bändern gehaltenen sogenannten Schlund- oder Pharyngealkiefer, die Teilen von Kiemenbögen entsprechen und dabei helfen, größere Futter-brocken in Richtung Magen zu ziehen.

Muränen:
Die Kiemenöffnungen liegen weit hinten am Kopf und sind klein und oval. Die Kiemendeckel fehlen; dafür sind aber die Branchiostegalradien, die die Kiemen-membran aufspannen, zahlreich und gut entwickelt. Muränen müssen das Wasser deswegen und weil das Suspensorium kaum beweglich ist, durch regelmäßiges
Öffnen und Schließen des Mauls durch die Kiemen pumpen, ein Verhalten, das
von Tauchern oft fälschlicherweise als "Drohen" angesehen wird. Drohen die
Fische wirklich, reißen sie ihr Maul weit auf und verharren so, bis die Gefahr
vorüber ist.

Muränen sind langgestreckt und seitlich abgeflacht, die Anzahl der Wirbel liegt normalerweise zwischen 110 und 200, maximal sind es 260. Der Körper ist muskulös, besonders der Nacken.

Die Färbung ist oft bräunlich oder schwärzlich purpurn, tropische Arten sind häufig bunt gemustert oder hell.

Die Brust- und Bauchflossen sind schon bei den Larven vollständig verschwunden - im Gegensatz zu anderen Aalartigen ohne paarige Flossen, die diese im Larvenstadium noch besitzen.

Die Seeigel sind getrenntgeschlechtlich. Ei- und Samenzellen werden in großen Mengen ins Wasser abgegeben. Die planktonisch lebenden, bilateral-symmetrischen Sekundärlarven der Seeigel werden als Plutei (Einzahl Pluteus) bezeichnet.
Bei Seeigeln vor Elba im Mittelmeer wurde in ca. 40 m Tiefe die Bildung von Fortpflanzungsgruppen beobachtet. Dabei finden sich mehrere (10-30) Individuen an einem Ort zusammen, zum Großteil so nah, dass sie sich mit den Stacheln berühren. In diesen Gruppen werden dann gleichzeitig von vielen Tieren Ei- und Samenzellen abgegeben und damit die Wahrscheinlichkeit einer erfolgreichen Befruchtung deutlich erhöht.

Mundapparat Seeigel:
Bereich der Mundöffnung eines regulären Seeigels mit gut erkennbarem Gebiss

Zum Zerkleinern ihrer Nahrung wie Seetang oder Aas besitzen die regulären Seeigel einen speziellen, komplex aufgebauten Kieferapparat mit calcitischen Hartteilen, die Laterne des Aristoteles. Bei den irregulären Seeigeln ist dieser Kieferapparat entweder teilweise oder vollständig reduziert.

Stacheln Seeigel
Die Stacheln der Seeigel bestehen ebenfalls aus Calcit. Sie sitzen auf kleinen Gelenkhöckern und sind durch Muskeln in alle Richtungen beweglich. Die Ausbildung der Stacheln, ihre Größe und Funktion können je nach Art sehr unterschiedlich sein.
Die Stacheln dienen vor allem zum Schutz vor Räubern wie Seesternen, großen Schnecken und Fischen und können bei einigen Arten beim Stechen sogar Gift abgeben. Besonders giftig sind die Lederseeigel (Feuer-seeigel). Es gibt Seeigel, die sich mit ihren Stacheln in Hartsubstrate wie Korallenriffe und Felsen einbohren. Manche irreguläre Seeigel holen mit den Stacheln Nahrung heran. Bewohner weicher Böden benutzen ihre Stacheln auch zur Fortbewegung.
Tritt ein Mensch auf einen Stachel, bricht dieser unter Umständen ab und bleibt im Fuß stecken, was zu schmerzhaften eitrigen Entzündungen führen kann. Zudem sind die Stacheln einiger Arten schwierig zu entfernen.